Le chancre bactérien, causé par la bactérie Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, affecte les cultures des solanacées en champ et en serre, particulièrement la tomate et le poivron. En champ, le chancre bactérien est occasionnel, mais peut être sévère si les mesures requises pour la circonscrire ne sont pas prises tandis qu’en serre, le chancre bactérien est une des maladies les plus importantes et destructrices de la tomate cultivée en sol ou en culture hydroponique. Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis est une bactérie non motile, ce qui signifie qu’elle a besoin de facteurs externes pour assurer sa dispersion afin d’infecter les plantes. Contrairement au flétrissement verticillien ou fusarien, le chancre bactérien ne progresse pas systématiquement du bas vers le haut de la plante. En champ, les plus grandes pertes de rendement sont liées aux infections primaires causées par des semences ou des transplants infectés tandis qu’en serre, les pertes sont liées aux infections secondaires causées par la manipulation des transplants (effeuillage, tuteurage, outils et mains des travailleurs contaminés, irrigation, etc.). La maladie apparaît en foyer.

Les symptômes engendrés par le chancre bactérien sont différents sur la tomate de champ et de serre.
 
Feuille : en champ, le symptôme le plus caractéristique est une brûlure rectiligne brun foncé à la marge des folioles. Un jaunissement peut accompagner ou non la brûlure. En serre, le premier symptôme se manifeste par le flétrissement des folioles dans la tête du plant. Au début, seulement quelques folioles d’une même feuille sont affectées, mais rapidement les plants montrent un flétrissement sur un seul côté. Sur les plants matures, les folioles de certaines feuilles médianes et basales présentent des brûlures grisâtres qui deviennent par la suite beiges. Elles sont situées entre les nervures et peuvent être accompagnées ou non d’un flétrissement. Ces folioles s’enroulent vers le haut et les pétioles courbent vers le bas. Les jeunes feuilles montrent des plages plutôt jaune verdâtre, d’aspect humide ou huileux. Le limbe affecté sèche rapidement. Présence parfois de minuscules taches blanchâtres (1 à 2 mm de diamètre), légèrement surélevées, avec un point brun au centre. Les taches sont visibles à la face inférieure des feuilles. Ces taches s’agrandissent, s’affaissent, deviennent brunâtres et prennent une apparence liégeuse.
 
Fruit : en serre, l’épiderme des fruits montre des lignes ou un réseau de lignes verdâtres à blanchâtres. En champ, le dommage est très caractéristique et se manifeste sous la forme de petites taches beiges à brunes (1 à 3 mm de diamètre), légèrement surélevées et entourées d’un halo blanc (taches ocellées ("bird’s eye spot")). En champ et en serre, une pourriture interne jaune peut s’étendre jusqu’aux graines.
 
Tige : le système vasculaire de la tige est beige à brun, particulièrement visible dans la partie basale de la tige et aux nœuds. Des stries longitudinales pâles peuvent apparaître sur l’épiderme et s’ouvrir pour former des chancres brunâtres. Dans les cas graves, jaunissement, brunissement puis pourriture de la moelle qui devient farineuse puis creuse. Parfois, il y a un développement de racines adventives sur la tige.
 
Plant : rabougrissement, flétrissement, dépérissement puis mortalité.

Le chancre bactérien peut être confondu avec la gale bactérienne (Xanthomonas campestris pv. vesicatoria). Contrairement au chancre bactérien, la gale bactérienne produit sur les fruits, des lésions pâles qui deviennent noires et liégeuses et des taches noires sur les feuilles. Le chancre bactérien peut également être confondu avec le flétrissement bactérien des solanacées (Ralstonia solanacearum). Dans ce cas, les symptômes foliaires sont semblables, mais le brunissement vasculaire de la tige est plus intense, atteint souvent la moelle et le cortex et progresse vers le bas de la tige, vers les racines.

La bactérie survit essentiellement sur et dans la semence (jusqu’à cinq ans), les débris de culture infectée, les mauvaises herbes et les volontaires de tomate. Elle se trouve également dans le sol, sur le matériel agricole (tuteurs contaminés, pots, goutteurs, ficelles, etc.) et la structure des serres. La semence contaminée est le principal moyen de propagation de la maladie sur de longues distances. La bactérie peut également être véhiculée à partir de plants contaminés qui propagent l’infection de blessure en blessure. Les sources de blessure sont nombreuses et variées et sont liées aux opérations culturales (effeuillage, ébourgeonnage, édrageonnage, tuteurage des plants, récolte), à la circulation du personnel et de la machinerie entre les plants mouillés (pluie, rosée, eau d’irrigation) et aux vents qui favorisent les blessures foliaires et provoquent les contacts directs entre des plants sains et malades.
 
La bactérie Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis va entrer dans la plantule par les hydatodes, les stomates ou des blessures. Par la suite, la bactérie se propage dans le système vasculaire de la plantule où elle se multiplie. Elle bloque le système vasculaire par lequel l’eau et les éléments minéraux circulent dans la plante, créant ainsi une infection systémique. La croissance de la bactérie et le développement de la maladie nécessitent une température se situant entre 24 et 32 °C (optimum à 27 °C), une humidité relative élevée, une faible intensité lumineuse et un déséquilibre nutritionnel. Au champ, les premiers symptômes du chancre bactérien apparaissent 30 à 40 jours après l’infection.

Il faut éviter d’introduire cette bactérie dans les cultures puisque les méthodes de lutte très performantes sont limitées. Pour limiter la propagation de cette bactérie, il faut utiliser des semences saines certifiées, des transplants sains, bien désinfecter les structures de serre et tout le matériel utilisé, installer des pédiluves à l’entrée des serres, faire une longue rotation des cultures (3 à 4 ans) avec des plantes non hôtes et éviter les blessures aux plantes. La fertilisation doit être bien ajustée afin d’éviter un apport excessif d’azote sous forme de nitrates et la carence en calcium. Ces deux éléments peuvent accroître la gravité de la maladie. Enfouir les résidus de culture pour accélérer leur décomposition (au moins 15 cm), éliminer et détruire les plants malades et les plants avoisinants, contrôler les mauvaises herbes, particulièrement la morelle noire (Solanum nigrum) et le chénopode blanc (Chenopodium album) qui sont des plantes réservoirs pour la bactérie.

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