Les rouilles sont des maladies complexes causées par des champignons qui sont des parasites obligatoires. Elles sont autoïques ou hétéroïques. Dans sa forme la plus complexe, les rouilles ont cinq types de spores (spermatie, écidiospore, urédospore, téliospore et basidiospore).

La rouille des tiges est une rouille hétéroïque dont le cycle de la maladie se produit partiellement ou complètement au Canada. Au Québec, seul le stade asexué est présent. Elle affecte les céréales (blé, orge, avoine, seigle) et occasionnellement la folle avoine et les graminées annuelles.
 
La rouille des tiges a été une maladie dévastatrice qui a causé de graves épidémies au Canada. Encore aujourd’hui elle occasionne des infections sévères dans certaines provinces canadiennes, mais au Québec, elle est considérée comme une maladie occasionnelle et mineure. Cette rouille a peu d’impact sur le rendement, mais peut affecter la qualité des grains.

Feuille et tige : présence de pustules rouge brique à rouge foncé, de forme elliptique, devenant noires avec la maturité de la culture. Les pustules sont distribuées de manière éparse, puis linéairement et longent les nervures principales. L'épiderme couvert de pustules finit par se rompre laissant apparaître une masse poudreuse d'urédospores rouge brique.

La rouille des tiges peut être confondue avec la rouille couronnée (Puccinia coronata) qui montre de petites pustules orange et affecte principalement les feuilles.

En Colombie-Britannique et dans l’est du Canada, la rouille des tiges est hétéroïque et nécessite deux hôtes pour compléter son cycle. Le champignon hiverne sous forme de télies sur les résidus de culture. Au printemps, les télies matures éjectent des téliospores qui germent et forment des basides et des basidiospores qui vont infecter les feuilles de l’épine-vinette commune (Berberis vulgaris). Des pycnies se développent sur les feuilles et forment, au début de l’été, des écidies sur l’épine-vinette. Ces écidies libèrent des écidiospores qui sont transportées par le vent vers l’avoine. Elles vont alors germer et pénétrer les tissus de la plante à travers les stomates. Les urédies se forment à la face inférieure des feuilles et forment des urédospores qui provoquent des infections secondaires tout au long de l’été. À l’approche de la maturité, les urédospores sont remplacées par les télies contenant des téliospores. Ces spores, de couleur noire, sont le mode de conservation du champignon durant la période hivernale.
 
Ailleurs au Canada, les urédospores de la rouille des tiges sont transportées par le vent en provenance du Mexique et du sud des États-Unis où la rouille des tiges hiverne sur le blé sous la forme d’urédies. Des infections successives sur l’avoine se produisent au printemps et en été. À l’occasion, la rouille des tiges survit sur les graminées annuelles et sur la folle avoine, mais ne représente pas une source importante d’inoculum. La maladie est favorisée lorsqu'elle survient tôt dans la saison (épiaison surtout) et que les conditions climatiques sont chaudes le jour (18 à 30 °C), fraîches la nuit (15 à 20 °C) et qu’un film d’eau est présent à la surface des feuilles. Les symptômes sont visibles 7 à 14 jours après l’infection.

Pour contrôler la rouille des tiges, il faut employer des cultivars résistants, éradiquer l’épine-vinette commune ou éviter de semer l’avoine à proximité de celle-ci et faire un semis précoce dans les régions où l’hôte alterne n’est pas présent afin d’éviter ou de diminuer les infections à partir des urédospores provenant du sud.

Bailey K. L., Couture L., Gossen B. D., Gugel R. K. & Morral R. A. A. (Eds) (2004). Rouille des tiges (rouille noire) de l'avoine. Dans Maladies des grandes cultures au Canada. 1ère éd. La Société Canadienne de Phytopathologie, Saskatoon. p. 86-87.

http://www.omafra.gov.on.ca/french/crops/pub811/14cereal.htm#des

http://www.ars.usda.gov/main/docs.htm?docid=9910