La brûlure phomopsienne du genévrier est causée par le champignon Phomopsis juniperivora. Ce champignon infecte les arbres et les arbustes de la famille des cupressacées, particulièrement le genévrier et à un degré moindre, le cyprès, le faux-cyprès et le thuya (cèdre). C’est une des maladies les plus importantes des genévriers. Ce champignon aime coloniser les jeunes tissus succulents tels que les jeunes pousses et les aiguilles immatures (peu lignifiées). Les genévriers deviennent résistants aux infections en vieillissant. Les pertes de plants sont observées essentiellement en pépinières et lors de la plantation. Les arbres plus âgés sont affectés au niveau de la nouvelle pousse, mais meurent rarement.

Feuille (aiguille) : présence de taches jaunes, d’anomalies de coloration variées (jaune, brun, gris) et de brûlures sur les aiguilles immatures. Les aiguilles matures sont résistantes.
 
Tige (pousse) : brûlure des pousses de l'année. Elles sont normalement de couleur jaune verdâtre, mais deviennent brun rougeâtre puis grises à mesure qu'elles meurent. L'infection peut progresser des nouvelles pousses vers les branches et former des chancres qui se manifestent sous la forme de bandes grises à la base des tissus morts. Les chancres peuvent ceinturer les tissus de moins d'un centimètre de diamètre et tuer la branche. En coupant longitudinalement dans la partie affectée, on observe des tissus vasculaires affectés brun rougeâtre qui sont bien délimités des tissus sains. Présence de pycnides généralement noires qui éjectent des masses globuleuses beiges de conidies.
 
Plant : malformation, dépérissement et mortalité des semis en pépinières et des jeunes plants après la plantation.

La brûlure phomopsienne peut être confondue avec d’autres maladies fongiques affectant les branches d’un an qui sont affaiblies ou blessées (Kabatina juniperi et Sclerophoma pythiophila). Des analyses de laboratoire sont souvent requises pour les distinguer, mais P. juniperovora se développe plus tardivement que K. juniperi. Elle peut également être confondue avec des symptômes causés par le froid et la sécheresse. Dans ces cas, les tissus présentent un dégradé de couleur uniforme allant du brun au vert (aiguille) ou blanc (pousse) et il n’y a pas de démarcation nette entre les tissus sains et affectés comme dans le cas d’une infection par Phomopsis.

Le champignon hiverne sous la forme de mycélium et/ou de pycnides dans le bois mort ou dépérissant et occasionnellement dans les aiguilles et les baies de genièvre. Au printemps, les structures fongiques font irruption au travers de l’écorce et des tissus morts. Lorsque les conditions sont fraîches et humides, les pycnides libèrent des spores (alpha (α) et bêta (β)) qui sont dispersées par le vent et les éclaboussures d’eau. Les structures fongiques sont produites du printemps et jusqu’à trois semaines suivant l’infection. La germination des conidies requiert une température chaude (15 à 27 °C) et humide. Un feuillage continuellement humide pendant au moins sept heures et une température variant entre 20 et 24 °C sont nécessaires pour que l'infection se produise. Les conidies infectent directement les nouvelles pousses et les aiguilles immatures. Les symptômes apparaissent à la fin du printemps, à mesure que la nouvelle croissance se développe. Trois à cinq jours après l’infection, le champignon pénètre dans les jeunes aiguilles et envahit rapidement la tige. Après avoir colonisé une pousse latérale, le mycélium progresse dans la tige principale, se développe rapidement sous l'écorce, affecte le cambium et brunit le bois. Les pycnides sont formées sur les pousses 3 à 4 semaines après l’infection. Phomopsis juniperivora est capable de produire des pycnides sur les tissus morts pendant près de deux années.

Pour lutter contre la brûlure phomopsienne, il faut utiliser du matériel végétal sain et des variétés résistantes, lorsque disponibles. Éviter de planter dans des zones mal drainées ou très ombragées pour éviter une humidité prolongée, assurer un espacement adéquat lors de la plantation pour permettre une bonne circulation d’air et garder le feuillage relativement sec. Éliminer et détruire le matériel végétal infecté dans les pépinières ainsi que les sources d’inoculum (bois morts, chancres, branches infectées, etc.). L’irrigation par aspersion doit être utilisée le matin afin de permettre l’assèchement complet des tissus. Sur les arbres plus âgés, effectuer des coupes franches avec des outils d’élagage bien tranchants. Procéder à l’élimination des tissus infectés durant la saison de dormance ou par temps sec afin de limiter la propagation des spores.

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http://www.missouribotanicalgarden.org/gardens-gardening/your-garden/help-for-the-home-gardener/advice-tips-resources/pests-and-problems/diseases/needlecasts/phomopsis-blight.aspx