Les pourritures racinaires du pois peuvent être causées par un ou plusieurs champignons du sol, dont Aphanomyces euteiches. Aphanomyces est un champignon aquatique de même type que Pythium spp. et Phytophthora spp. (règne des Chromistes). La nécrose racinaire précoce est une maladie fréquente et sévère dans les sols humides (trop irrigués, mauvais drainage, texture argileuse, etc.) ou lorsque la rotation des cultures est trop courte. Le champignon peut affecter tous les stades de développement de la plante. Il y aurait plus de 90 espèces de plantes cultivées et indigènes pouvant être infectées par Aphanomyces dont la majorité comprend les légumineuses. Les racines du pois sont rarement infectées seulement par Aphamomyces, mais le sont par un complexe fongique avec Pythium spp., Fusarium spp. ou les nématodes (Pratylenchus spp.). Lors d’une infestation sévère, les symptômes apparaissent en foyer.

Les symptômes varient selon le stade de croissance des plants au moment de l’infection. Le champignon peut causer de la fonte des semis en préémergence (plutôt rare) ou en postémergence, de la pourriture des racines sur les plantules ou les plants plus âgés lorsque le sol est frais et humide.
 
Plantule ou jeune plant : lorsque les plants sont infectés avant la floraison, l’infection causera du nanisme, du jaunissement des feuilles, du flétrissement et du dépérissement. Dans les cas sévères, les plants meurent avant la formation des gousses.
 
Feuille : jaunissement des feuilles basales qui progresse ensuite vers les jeunes feuilles.
 
Gousse : nombres réduits de gousses, les graines sont plus petites et le remplissage des gousses est inégal.
 
Tige et collet : après l’infection des racines, l’agent pathogène progresse vers l’hypocotyle et l’épicotyle où des lésions molles, humides et brunâtres sont produites, essentiellement dans la partie basale de la tige, près du sol, et au collet.
 
Racine : une infection hâtive survenant peu de temps après la germination ou l’émergence du pois se manifeste par des pourritures molles et humides sur de longues portions du cortex des racines. Le cortex s’enlève facilement et révèle un système vasculaire habituellement sain. Les toutes premières infections sont localisées à l’extrémité des radicelles. Ces lésions deviendront jaunâtres puis noirâtres. Les symptômes apparaissent sur les racines environ dix jours après l’infection. Le volume racinaire est réduit et le nombre de nodules est diminué. Les apex racinaires étant affectés, les racines ne s’allongent plus. Le système racinaire peut pourrir et favoriser l’entrée d’autres agents pathogènes (ex. : Fusarium sp.).

La pourriture des racines par Aphanomyces peut être confondue avec des dommages causés par le champignon Pythium spp.

Aphanomyces hiverne principalement sous la forme d’oospores dans le sol, les débris de culture infectée et les semences. Les oospores demeurent viables dans le sol plusieurs années (10 à 20 ans). Au printemps, lorsque le sol est saturé en eau, les oospores germent et produisent des hyphes ou des zoosporanges qui produisent des zoospores biflagellées mobiles. Les zoospores sont attirées par des exsudats émis par les graines et les racines et nagent vers elles pour les envahir. Les poils absorbants sont la porte d’entrée pour Aphanomyces. Une fois à l’intérieur des racines, ils dégradent les tissus du cortex. Des oospores matures sont formées une à deux semaines après l’infection. Les oospores sont libérées dans le sol lorsque les racines se décomposent ou restent dans les fragments de racine et servent d’inoculum durant les années suivantes. Les oospores sont généralement associées aux débris de culture et se maintiennent dans la couche de labour. L’inoculum est dispersé sur de courtes distances par le contact entre les racines des plantes ou le mouvement des zoospores. L’inoculum est dispersé sur de longues distances par le transport de sol infecté d’un champ à un autre, l’eau de drainage de surface, les éclaboussures d’eau et les semences infectées. La maladie est favorisée dans les sols à pH acide ou neutre, saturés en eau, peu ou mal drainés, plutôt lourds, compactés et trop irrigués. Dans les sols fortement infestés, les plantules montrent des symptômes environ dix jours après le semis. Les infections sont favorisées lorsque la température est fraîche (14 à 20 °C) et que les sols sont humides, mais un climat chaud (22 à 28 °C) et sec permettra aux plants infectés d’exprimer les symptômes de manière plus rapide et intense parce que les racines peu fonctionnelles amplifieront l’effet du manque d’eau.

La lutte contre Aphanomyces est difficile. Il est essentiel d’utiliser des semences de qualité, de connaître les précédents culturaux, d’avoir une bonne gestion de l’irrigation, de cultiver dans des sols bien drainés, de faire une rotation des cultures ((> 5 ans) avec des plantes non hôtes (avoine, maïs sucré) et d’éviter les sols lourds, compactés ou chauds et humides. Enfouir profondément les résidus de culture infectée. Éviter les peuplements denses, les semis trop profonds et les dommages aux racines. Aucun cultivar de pois résistant n’est disponible.

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https://www.agrireseau.net/legumeschamp/documents/Aphanomyces.pdf

https://www.arvalis-infos.fr/file/galleryelement/pj/b1/0f/43/99/aphanomyces821106418699469363.pdf

https://www.apsnet.org/edcenter/intropp/lessons/fungi/Oomycetes/Pages/Aphanomyces.aspx

http://ipm.illinois.edu/diseases/series900/rpd911/