La pourriture des graines du soya est présente dans toutes les régions productrices de soya. Elle est causée principalement par Phomopsis longicolla, mais également par d’autres champignons du complexe Diaporthe/Phomopsis. Les infections se produisent pendant ou après le stade gousse jaune et les dommages sont importants lorsque la température est chaude et humide. Les pertes de rendement sont souvent imputables à la diminution du nombre de graines et à la grosseur des graines, particulièrement lorsque la récolte est retardée. Les plants infectés sont généralement isolés, mais des foyers de plants atteints peuvent apparaitre dans les zones humides du champ. La pourriture des graines du soya est fréquente et sévère et une des maladies les plus importantes affectant les graines de soya.

Gousse : avortement des gousses. Présence de pycnides sans patron défini sur l’épiderme. Les gousses inférieures sont affectées en premier. Les graines infectées sont plus petites, allongées, fendillées, décolorées, ratatinées et légères. Elles peuvent être moins nombreuses. Parfois présence d’un fin mycélium blanchâtre dans les craquelures.

Cette maladie peut être confondue avec la brûlure phomopsienne (Phomopsis phaseoli – symptômes similaires sur graine, mais tige affectée en premier) et l’anthracnose (Colletotrichum truncatum - graines brun foncé et ratatinées).

Le champignon Phomopsis hiverne sous la forme de mycélium dans les débris de culture, les semences infectées et les mauvaises herbes infectées. Au printemps et en début d’été, les pycnides sont produites et libèrent des spores asexuées lorsque le temps est pluvieux ou humide. Cet inoculum sera dispersé plus tard par les éclaboussures d’eau sur les gousses en formation. L’infection des graines se fait environ 2 semaines après l’infection des gousses. Les températures chaudes (> 21 °C) et humides lors du grossissement des gousses favorisent le développement de la maladie. Les infections sont accentuées sur les plants versés ou stressés (carence en potassium (K), virus, insectes). Le champignon peut aussi infecter la tige et les racines, mais le cycle de développement de la maladie n’est pas bien connu sur ces organes.

Pour diminuer la maladie au champ, il faut utiliser des semences certifiées ou traitées avec un fongicide, choisir les cultivars les moins sensibles, favoriser la rotation des cultures avec des plantes non hôtes (maïs, blé), enfouir les résidus de culture et récolter au moment opportun. Éviter les fortes densités de plantation, la conservation des sols ou les rotations courtes dans les champs ayant un historique de la maladie.

Bailey K. L., Couture L., Gossen B. D., Gugel R. K. & Morral R. A. A. (Eds) (2004). Pourriture des graines du soya. Dans Maladies des grandes cultures au Canada. 1ère éd. La Société Canadienne de Phytopathologie, Saskatoon. p. 177.
 
Hartmann G. L., Rupe J. C., Sikora E. J., Domier L. L., Davis J. A. & Steffey K. L. (Eds) (2015). Phomopsis Seed Decay. Dans Compendium of Soybean Diseases and Pests. 5e éd. APS Press, The American Phytopathological Society Press, St-Paul, Minnesota. p. 47-48.

https://ipm.illinois.edu/diseases/rpds/509.pdf

http://www.aganytime.com/Documents/ArticlePDFs/Diaporthe-Phomopsis%20Disease%20Complex%20and%20Charcoal%20Rot%20in%20Soybean%20-%20ASGROW%20-%20Spotlight.pdf